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pour La connaissance du vivant
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=Faut-il distinguer les sciences du vivant des sciences de la matière?=

'''''La question est une question historique: la biologie s’est constituée très tardivement comme science exacte (au milieu du 19 eme siècle avec Claude Bernard).'''''
'''''Qu’est.-ce qui a fait obstacle à la constitution de la science? (obstacle épistémologique)'''''





==L'apparente originalité du vivant: Est-ce un étrange objet?==


L’expérience du passage de la vie à la mort induit une réflexion :

Aristote considère qu’un organe vivant est un organe qui accomplit sa fonction. Mort, il n’est plus capable de l’accomplir. Ergon. = la fonction.
Quand nous disons organe, nous reprenons ce terme grec.
Lorsque l’organe accomplit sa fonction, Aristote dit qu’il accomplit son œuvre propre. Il emploie même le mot âme: «l’âme de l’œil c’est la vue».
Pour connaître un organe, Aristote pense donc que nous devons être capable de répondre à la question : quelle est sa fin?
Le problème est qu’on se contentera souvent d’une telle réponse: l’œil est fait «pour voir», les branchies pour mener une vie aquatique …
Et on évite ainsi la question du comment.

===La finalité interne===



Un organe, non seulement assure sa propre fonction, mais du même coup, il assure le fonctionnement de la totalité organique à laquelle il appartient. Un organisme c’est un tout, fait d’éléments solidaires. Chaque partie contribue au bon fonctionnement du tout, et le tout contribue au bon fonctionnement de chacune des parties. (Un arbre et ses feuilles – le corps humain et chacune des ses parties)
La conception du vivant comme organisme risque de conduire à une théologie, car si l’on constate une harmonie interne, on risque  de penser un être qui aurait réglé cette harmonie. On sort en fait de la science.

===La finalité externe===

 
On peut aussi envisager la solidarité de tous les êtres de la nature. Les stoïciens disent que le «monde est un grand animal» Leibniz parle d’harmonie préétablie. On arrive ainsi à une cosmologie. (La conception du monde comme un tout organisé et harmonieux)
Les religions (Ancien testament) mettent ainsi l’homme au centre de la nature et disent que la nature est faite pour servir l’homme

Un savant contemporain Monod, résume ainsi l’originalité du vivant: Monod: Le hasard et la nécessité en lui attribuant trois caractères.


'''Reproduction invariante''': un être vivant est capable de ses reproduire à l’identique ;
                         

'''Morphogénèse autonome''': la structure d’un vivant résulte d’interactions internes à l’objet qui ne semblent rien devoir (ou très peu) à l’action de forces extérieures. Le vivant se développe selon sa loi propre ; le milieu n’intervient que pour freiner ce développement  sans pouvoir le modifier fondamentalement/ ( ex: la taille d’un individu). Pour cette raison, le vivant semble «  libre» à l’égard des agents extérieurs. (Le galet est purement passif, il subit les forces de l’érosion)


'''Téléonomie''': le vivant semble être doué d’un projet qu’il représente dans sa structure et accomplit dans sa performance;(œil: projet, capter des images). Le projet fondamental du vivant est d’ailleurs de se reproduire de façon invariante. Le vivant invite à employer un langage finaliste.


==La finalité n'est pas un concept scientifique==

Parler en termes de projet renvoie à une intelligence organisatrice, à un concepteur du projet.
Les hommes sont des techniciens et agissent en faisant des projets. (Je veux avoir chaud (1) je construis une maison (2))  la maison quand elle est construite est la cause qui fait que je me tienne au chaud (effet). Dans l’action technicienne l’effet (1) est pensé avant la cause, 
Lorsqu’on affirme que l’homme a des yeux pour voir, des mains pour prendre, des mâchoires pour mâcher, on affirme subrepticement qu’une nature, intelligence organisatrice, a pensé l’effet ( la vision) (2) et ensuite a crée la cause ( l’œil –( 1)) .
Lucrèce dénonce le finalisme. Il y voit l’expression de la superstition qui empêchera les hommes d’être heureux, de vivre en paix. Lorsqu’on fait une analyse finaliste du vivant, on  fait intervenir dans la nature les dieux. C’est la porte ouverte à toutes les terreurs possibles, les hommes essaieront de  conserver les faveurs des dieux par des prières des sacrifices etc. et vivront dans la crainte.

'''''« La clairvoyance des yeux n’a pas été créée, comme tu pourrais croire, pour nous permettre de voir au loin ; ce n’est pas d’avantage pour nous permettre de marcher à grands pas que l’extrémité des jambes et des cuisses s’appuie et s’articule sur les pieds ; non plus que les bras que nous avons attachés à de solides épaules, les mains qui nous servent des deux côtés, ne nous ont été donnés pour subvenir à nos besoins. Interpréter les faits de cette façon, c’est faire un raisonnement qui renverse le rapport des choses, c’est mettre partout la cause après l’effet. Aucun organe de notre corps, en effet n’a été crée pour notre usage ; mais c’est l’organe qui crée l’usage. Ni la vision n’existait avant la naissance des yeux, ni la parole avant la création de la langue : c’est bien plutôt la naissance de la langue qui a précédé de loin celle de la parole ; les oreilles existaient bien avant l’audition du premier son ; bref tous les organes à mon avis, sont antérieurs à l’usage qu’on a pu en faire. Ils n’ont donc pu être crées en vue de nos besoins. » 

LUCRECE. De la Nature'''''


La science contemporaine pose la question du comment, mais pas la question dans quel but?

==Le modèle mécaniste de la nature proposé par Descartes==

 

===Le mécanisme===

La nature  peut être  bien connue dans le cadre du mécanisme issu de la physique de Galilée. La nature est régie par les lois de l'étendue géométrique et par les lois physiques du mouvement Elle obéit au principe de déterminisme.

===Le vivant connu sur le modèle de l’automate===
 

L'animal appartient lui aussi à ce monde de matière et de mouvement .Il peut être compris, comme tout vivant sur le modèle de la machine. (Automate). (Modèle heuristique = modèle utilisé pour connaître. Descartes ne dit pas que le chien est une machine)
La nature entière obéit aux mêmes lois. L’ingénieur humain construit des automates dont les rouages sont proportionnés à ses mains et à ses yeux.  Le vivant construit par l’ingénieur divin est seulement fait de rouages plus petits, mais il peut également être connu. Descartes ne met pas le vivant à part dans la nature.
Un arbre produit ses fruits comme une montre marque les heures. Descartes dit bien que le vivant peut être connu selon les lois les plus générales de la nature. 

===L’originalité de l’esprit.===
  
*Dans ce monde du mécanisme, se distingue le sujet comme substance spirituelle.I1 n'y a plus qu'une seule sorte d'âme dans la nature, l'âme humaine seul point de spiritualité. 
Le Moyen Age héritier d’Aristote hiérarchisait les âmes et les multipliait.

Descartes, dans Les Méditations Métaphysiques, essaie de montrer qu'on peut se connaître soi même comme substance spirituelle  et que la connaissance qu'on en prend est même la connaissance la plus claire et la plus distincte. Toutes mes certitudes peuvent être ébranlées par le doute, à l’exception d’une certitude, celle que j’ai de mon existence comme « chose qui pense ». Cette certitude pourra servir de modèle à toutes les autres.
Et seule cette chose qui pense, parce qu’elle est douée de volonté libre échappe aux lois de la nature. Dire « J’ai une liberté de libre arbitre » c’est dire que ma volonté  n’obéit pas à une cause extérieure à elle. Elle n’est pas déterminée.
Descartes donne un modèle dualiste de l’homme (union d’une substance spirituelle et d’un corps machine) Il a beaucoup de difficultés à montrer comment l’esprit et le corps matière peuvent interagir.
Son modèle du vivant (l’automate) est insuffisant. Le vivant met en œuvre des processus complexes de biochimie. Mais le modèle de Descartes avait le mérite de dire qu’on n’a pas besoin de recourir pour expliquer le vivant à des concepts particuliers.


'''"Je ne reconnais aucune différence entre les machines que font les artisans et les divers corps que la nature seule compose, sinon que les effets des machines ne dépendent que de l’agencement de certains tuyaux, ou ressorts , ou autres instruments, qui devant avoir quelque proportion avec les mains de ceux qui les font, sont toujours si grands que leur figures et mouvements se peuvent voir, au lieu que , les tuyaux et ressorts qui causent les effets des corps naturels sont ordinairement trop petits pour être aperçus par nos sens. Et il est certain que toutes les règles des mécaniques appartiennent à la physique, en sorte que , toutes les choses qui sont artificielles sont avec cela naturelles.. Car, par exemple, lorsqu’une montre marque les heures par le moyen des roues dont elle est faite, cela ne lui est pas moins naturel qu’il est à un arbre de produire ses fruits. c’est pourquoi, en même façon qu’un horloger, en voyant une montre qu’il n’a point faite, peut ordinairement juger, de quelques unes de ses parties qu’il regarde, quelles sont toutes les autres qu’il ne voit pas : ainsi , en considérant les effets et les parties sensibles des corps naturels, j’ai tâché de connaître celles de leurs parties qui sont insensibles.'''


'''Descartes- Principe de la Philosophie - 1644'''

==La biologie contemporaine et son refus du vitalisme: La réduction de l’ignorance.==
CF Jacob : La logique du vivant.    (Jacob et Monod prix Nobel de médecine français)


===L'idée d'un principe vital===

Pendant très longtemps, on a voulu rendre compte des caractères propres au vivant, en les référant à un principe vital. En France l’Ecole de médecine de Montpellier s’est longtemps caractérisée par son vitalisme.

«J’appelle principe vital en l’homme, la cause qui produit tous les phénomènes de la vie dans le corps humain. (Barthez Médecin du 18 ème siècle)Le vitalisme signifie essentiellement pour ses tenants que la matière organique est irréductible aux lois de la matière brute. Le principe vital est censé rendre compte de l’organisation interne du vivant et du fait qu’il se protège du milieu extérieur et se reproduit. Ce principe vital est spontané. Le vivant échappe au déterminisme.

Au 19 éme siècle C Bernard écrit «''' L’introduction à l’étude de la médecine expérimentale'''»  On peut expérimenter sur le vivant: expérience du foie lavé. 
Le vivant obéit au principe de déterminisme. Il entre dans le champ de la science 

===L’abandon du vitalisme:===

C’était l’ «asile de l’ignorance» On peut  sortir de son contexte cette expression de Spinoza, pour dire que chaque fois qu’on ne comprenait pas un phénomène, on l’attribuait à la force vitale. Chaque fois que la science progresse, on peut abandonner  le recours au principe vital.

'''''Jacob donne quelques exemples de cette réduction de l’ignorance''' :'' 
En 1897 Marcellin Berthelot écrit:« La synthèse chimique». Dans les composés organiques, on trouve des éléments en nombre limités, mais en combinaisons très variées. La chimie ne savait pas en laboratoire associer le carbone et l’hydrogène. On pensait que seule la force vitale était capable d’unir ces éléments. Or Berthelot réussit la synthèse des composés organiques en laboratoire.
De la même manière on comprend ce qu’est la chaleur dans un organisme vivant.
«On peut établir, contrairement aux opinions anciennes que les effets chimiques de la vie sont dûs au jeu des forces chimiques ordinaires, au même titre que les effets mécaniques de la vie ont lieu suivant le jeu des forces purement physiques et mécaniques … Toute distinction entre réactions chez le vivant et en laboratoire s’efface.» 
Le vivant écrit Jacob, n’est donc pas un étrange objet.


==L’effacement progressif du recours à la notion de finalité se voit également dans les théories de l’évolution. (Darwin)==

L’évolution a été aussi le lieu d’un débat mettant en jeu le principe de finalité : faut-il y voir  la réalisation d’un projet préexistant au processus d’évolution ? 
Le modèle darwinien est intéressant parce qu’il exclut tout recours à la finalité.
Le hasard de petites innovations ou variations (Darwin ne connaît pas la génétique)  procure parfois à l’individu qui en est porteur un avantage pour la survie .Cet individu va se reproduire de manière privilégiée (il survit mieux) Il transmet donc la variation à ses descendants. 
Il y a donc  hasard de la petite variation et  nécessité de la reproduction invariante (Monod Le  Hasard et la Nécessité). La finalité ne joue pas de rôle. (On ne pose pas dans un cadre scientifique la question:« Pourquoi les espèces évoluent-elles ? Dans quel but ? On exclut l’idée d’une pensée préalable de l’évolution. La science a- t.-on déjà remarqué, se contente d’un comment. Il est vrai que certains vont objecter par exemple que l’évolution  de la jambe du cheval depuis l’hipparion primitif suppose toute une série de « hasards » allant dans le même sens, ce qui leur parait impossible. L’idée d’un projet divin dominant tout le processus a pu tenter, mais dans un cadre où la religion se mêle à la question de l’évolution, par exemple chez Teilhard de Chardin, Père jésuite et paléontologue. 


Le darwinisme est une théorie intéressante, parce que si toute la communauté scientifique reconnaît l’évolution, tous ne sont pas d’accord avec le mécanisme retenu par Darwin et même par les néo-darwiniens. Cette théorie a le statut d’une théorie qui a du sens, qui est explicative, mais qui, comme le dirait Popper, est toujours susceptible d’être falsifiée. 
NB: Aux USA en décembre 2005 un juge de l’état de Pennsylvanie a tranché et a interdit que soit enseigné dans les écoles la théorie du «dessein intelligent»  que des fondamentalistes religieux voudraient voir enseignée en lieu et place ou au moins à coté (GW Bush)  du darwinisme et cela au nom du principe de la séparation des Eglises et de l’état.
C’est un créationnisme. 


Le darwinisme est aussi intéressant parce qu’il  est comme l’héliocentrisme de Galilée, en contradiction avec la lecture littérale que certains veulent faire des textes sacrés;
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